Studium trądu w Stowarzyszeniu Genomewide ad 5

Analiza heterogenności pięciu polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), które okazało się być różnicowo związane z podtypami klinicznymi. Analiza podgrup podklinicznych i pęcherzowych klinicznych podtypów trądu ujawniła istotne dowody na heterogeniczność przy pięciu SNP (rs3764147, rs10507522, rs9302752, rs42490 i rs1491938) w obrębie czterech genów (C13orf31, LRRK2, NOD2 i RIPK2). Powiązania tych SNP były silniejsze w przypadku wielowymiarowej formy trądu niż w postaci pęcherzowej, a różnica w sile związku była znacząca (zdefiniowana jako P <0,05 po korekcie dla wielokrotnego testowania dla 16 SNP wymienionych w Tabeli 2) ( Tabela 3). Wariant rs1491938 (w LRRK2) wykazał znaczące powiązanie z postacią wielowłóknkową (P = 2,26 x 10-6; iloraz szans, 0,81), ale nie pauzakomórkową (P = 2,96 x 10-1, iloraz szans, 0,96). Nie wykryliśmy efektów heterogenności w innych podgrupach pacjentów (dane niepokazane). Analiza ścieżki
Rycina 2. Rycina 2. Sieć interakcji genów złożona z pięciu genów podnoszących podatność na trąd i pięć innych genów. Analiza genów podatności na ingerencję zidentyfikowała pojedynczą, ściśle połączoną sieć wzajemnie oddziałujących genów, w tym 5 z 7 genów zaangażowanych w rozwój trądu w badaniu asocjacji genomewidu (zaznaczone na czerwono) i 30 dodatkowych genów. Prawdopodobnie sieć nie została zidentyfikowana przypadkowo (jednostronne P = 1,00 × 10-15 według dokładnego testu Fishera). Ciągłe linie między genami reprezentują znane bezpośrednie interakcje cząsteczkowe i linie przerywane, znane pośrednie interakcje molekularne. CARD6 oznacza członka rodzinnej domeny rekrutacji kaspazy, członka rodziny IX domeny rekrutacyjnej CARD9, głównego wirusa zgodności tkankowej HLA-DRB1 klasy II DR beta 1, LRRK2 bogatej w leucynę kinazy powtórzeń 2, jądrowego czynnika NF-.B .B, domeny oligomeryzacji wiążącej nukleotyd NOD2 zawierający 2, oddziałującą z receptorem RIPK2 kinazę serynowo-treoninową 2 i element rodziny nadrodziny 15 nekrozy nowotworów TNFSF15 (ligand).
Zbadaliśmy możliwe zależności funkcjonalne między siedmioma zidentyfikowanymi genami podatności, wykorzystując bazę wiedzy Ingenuity Pathways Analysis (Ingenuity Systems). Pojedyncza sieć złożona z 35 genów, w tym 5 z 7 genów podatności, została zidentyfikowana poprzez nienadzorowaną analizę sieci, uzyskując bardzo znaczący wynik (jednostronne P = 1,00 × 10-15 według dokładnego testu Fishera). Figura 2 ilustruje funkcjonalny związek między pięcioma genami podatności (wraz z pięcioma innymi genami), tworząc wiarygodną sieć biologiczną, która jest podatna na trąd.
Dyskusja
Poprzez badanie związku podatności na trąd, w którym wzięliśmy udział w badaniu genomowym, wzięliśmy pod uwagę warianty genetyczne w sześciu genach, które wykazują znaczący związek z chorobą i siódmy gen, który wykazuje tendencję do asocjacji z chorobą. Kontrole, w szczególności 1225 z próbkami analizowanymi w badaniu powiązań genomewidu, były młodsze niż pacjenci. Możliwe, że kontrole były zbyt młode, aby choroba rozwinęła się klinicznie, ale wpływ ich wieku porównawczego na siłę skojarzeń jest prawdopodobnie minimalny, biorąc pod uwagę niską częstość występowania trądu w populacji ogólnej.
Badanie asocjacji genomewidu wykazało, że z czterech SNP w locus NOD2 związanym z trądem, dwa SNP (rs9302752 i rs7194886) leżą między NOD2 i jego sąsiadującym 5 genem, SNX20 (który koduje sortujące białko nexin 20); te dwa międzygenowe SNP są silniej związane z trądem niż dwa połączone SNP zlokalizowane w NOD2
[więcej w: wcpit, spłycenie lordozy szyjnej, makóweczki instagram ]