Studium trądu w Stowarzyszeniu Genomewide ad

Pierwszy zestaw replikacji składał się z Chińczyków Han ze wschodnich Chin, a drugi i trzeci zestaw replikacji stanowili Chińczycy Han, a także osoby z mniejszościowych grup etnicznych spoza Han (w tym Chung, Miao, Yízú i inne mniejsze grupy). ) z południowych Chin. Trąd został zdiagnozowany na podstawie consensusu przez co najmniej dwóch dermatologów. Na podstawie dokumentacji medycznej ustaliliśmy kliniczny podtyp choroby, czy w rodzinie występowała choroba trądu, czy też wiek. Kontrole nie miały historii trądu, chorób autoimmunologicznych lub układowych ani rodzinnej historii trądu (u krewnych pierwszego, drugiego lub trzeciego stopnia). Pacjenci i osoby kontrolne zgłosiły kwestionariusz na temat ich wieku, płci i grupy etnicznej. Wszyscy uczestnicy stwierdzili, że byli wolni od infekcji M. tuberculosis i przewlekłej infekcji przez inne czynniki (z wyjątkiem M. leprae w przypadku pacjentów). Pacjenci i kontrole zostały dobrane zgodnie z pochodzeniem etnicznym i geograficznym regionem rekrutacji. Wszyscy uczestnicy wyrazili pisemną, świadomą zgodę, a badanie zostało zatwierdzone przez lokalne instytucjonalne komitety etyczne (patrz Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie).
Przeprowadziliśmy badanie asocjacji genomewidu przy użyciu Human610-Quad BeadChip (Illumina) i kontynuacji genotypowania przy użyciu systemu iPLEX (Sequenom) i testu TaqMan (Applied Biosystems). Przetestowaliśmy stratyfikację populacji w zestawie wykrywania przy użyciu metody opartej na analizie głównych składników i przetestowanej pod kątem obecności powiązań genotyp-fenotyp przy użyciu testu trendu Cochran-Armitage z korektą populacji i bez niej. Przeprowadziliśmy również analizy heterogenności 93 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) o najsilniejszym powiązaniu z podatnością na choroby w badaniu powiązań genomewidu, aby ustalić, czy te powiązania były w nieproporcjonalny sposób spowodowane obecnością lub brakiem rodzinnej historii trądu, obecności lub nieobecności. niepełnosprawności od trądu, wieku wystąpienia choroby lub jej podtypu klinicznego. Więcej informacji na temat próbek, genotypowania, kontroli jakości i analiz statystycznych znajduje się w dodatkowym dodatku.
Wyniki
Analiza asocjacji genomewidu
Po przefiltrowaniu danych uzyskanych w badaniu asocjacji genomewidu, dla celów kontroli jakości pozostało 491 883 SNP z 706 pacjentów i 1225 kontroli, które poddano analizie statystycznej (patrz Dodatek dodatkowy). Analiza głównych składników, przy użyciu 206 próbek referencyjnych HapMap, potwierdziła, że wszyscy uczestnicy byli chińskimi przodkami (ryc. w dodatkowym dodatku), chociaż pacjenci i kontrole wykazali pewną stratyfikację genetyczną (ryc. 2 w dodatkowym dodatku). Aby zminimalizować efekt stratyfikacji populacji, przetestowaliśmy obecność związków genotyp-fenotyp przy użyciu dwóch podejść. Najpierw przeanalizowaliśmy genotypowe genotypy pacjentów z 706 przypadkami i 1225 kontroli z zastosowaniem testu trendu Cochran-Armitage z korektą stratyfikacji populacji w oparciu o analizę głównych składników.18 Po drugie, przetestowaliśmy genotypy pod kątem powiązania ze stanem dotkniętym, bez korekty do stratyfikacji populacji, po usunięciu 711 niedopasowanych genetycznie kontroli (ryc
[więcej w: objaw chvostka, certus wagrowska, erytrocyty wyługowane ]