Studium trądu w Stowarzyszeniu Genomewide czesc 4

W odniesieniu do zestawu wykrywania wykorzystaliśmy wyniki z drugiej analizy, w której wykorzystaliśmy mniejszą grupę dopasowanych próbek kontrolnych. W odniesieniu do oceny regionu MHC w zestawach replikacyjnych, genotypowaliśmy dwa SNP: rs602875 w locus HLA-DR-DQ (P = 3,47 × 10-4, iloraz szans, 0,58) (od rs9271366, również w tym locus iz silniejsze powiązanie, było oporne na genotypowanie) i rs9264868 w locus HLA-B-C (P = 1,96 x 10-4; iloraz szans, 2,12) (ryc. 5 w dodatkowym dodatku). Wyniki połączonej analizy silnie potwierdzają związek między rs602875 a podatnością na trąd (P = 5,35 × 10-27; iloraz szans, 0,67), ale nie pomiędzy rs9264868 a chorobą (P = 2,33 × 10-3, iloraz szans, 1,14 ).
Tabela 2. Tabela 2. Związki z trądem dla 16 polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP) w obrębie siedmiu genów podatności, według analizy. Związki o podatności na chorobę replikowano dla dwóch SNP (rs42490 i rs40457) w obrębie RIPK2 (gen kodujący receptorową kinazę serynowo-treoninową 2, na chromosomie 8q21), trzy SNP (rs4574921, rs10114470 i rs6478108) w obrębie TNFSF15 ( gen kodujący czynnik martwicy nowotworów [ligand] nadrodzina członek 15, na chromosomie 9q32), dwa SNP (rs3764147 i rs10507522) w obrębie C13orf31 (gen kodujący otwartą ramkę odczytu chromosomu 13 31, na chromosomie 13q14), dwa SNP (rs9533634 i rs3088362) w obrębie CCDC122 (gen kodujący cewkową domenę zawierającą 122, na chromosomie 13q14) i dwa SNP (rs9302752 i rs7194886) w obrębie NOD2 (gen kodujący domenę oligomeryzującą wiążącą nukleotyd, zawierający 2, na chromosomie 16q12) (tabela 2). Co najmniej dwa SNP w każdym z tych pięciu genów wykazały znaczące powiązanie (P <1,00 x 10-10 dla wszystkich analiz połączonych) ze stanem dotkniętym. Aby zbadać niezależność wielu powiązań obserwowanych w obrębie każdego z pięciu genów, przeprowadziliśmy analizy asocjacyjne, w których kontrolowano wpływ genetyczny najsilniej związanego SNP w każdym locus. Analizy te ujawniły co najmniej dwa niezależnie związane SNP, znajdujące się w różnych blokach nierównowagi sprzężeń (tabela 2 w dodatkowym dodatku) oraz z niskimi parami wartości r2 (<0,3) w każdym locus (ryc. 6 w dodatkowym dodatku).
Wyniki wskazują na trend w kierunku związku między SNP rs1873613 w LRRK2 (gen kodujący bogatą w leucynę kinazę 2 powtórzeń, na chromosomie 12q12) i podatnością na trąd (Tabela 2). Włączenie próbek replikacji wzmocniło dowody na związek dla tego SNP (P = 5,10 x 10-5 dla wszystkich analiz połączonych, iloraz szans, 0,86). Wspólna analiza próbek z 1931 r. (W tym niezrównanych kontroli 711) w badaniu powiązań genomewidu i tych we wszystkich trzech zestawach replikacji również potwierdziła związek (P = 3,68 × 10-5; iloraz szans, 0,86), przy jeszcze silniejszym powiązaniu z wspólna analiza wszystkich próbek Han (od 3174 pacjentów przypadku i 6307 kontroli) (P = 5,68 × 10-6, iloraz szans, 0,82).
Wyniki dla pozostałych 77 SNP uwzględnionych w analizach replikacji podsumowano w Tabeli w dodatkowym dodatku.
Analiza podgrup pacjentów
Tabela 3
[hasła pokrewne: wpływ promieniowania jonizującego na organizmy żywe, młody zielony jęczmień allegro, nfz szczecin kolejka do sanatorium ]